巨肢(指)的治疗至今尚无良策，较多的是以切除增生的组织为主，也应用遏止骨骼生长的骺板切除术。稳定型的巨指畸形除为了美观需要外，多不需治疗。为避免功能和形态的继续损害，宜尽可能早的进行手术。提倡1岁时即手术，治疗方法的选择随畸形的类型。范围和严重程度而异。治疗方法主要包括
1.软组织切除术
在手指皮肤血供不受影响的情况下尽可能多地切除过度生长的皮肤及皮下组织，使巨肢(指)体积缩小。
2.神经剥离切除及神经减压
有的巨指症与指神经的生长有关，因此剥离、切除皮肤皮下组织的同时，应切除指神经的分支保留指神经的主干，可达到治疗目的;或切除“神经区域”的指神经，同时应用游离神经移植，以恢复部分感觉功能。巨肢(指)症伴有正中神经生长失控时，造成正中神经在腕管受压，可行腕管切开正中神经减压术。
3.截骨术及骨骺遏止术
指骨或掌骨的过度生长，形成过长、过粗或弯曲畸形，使用横向截骨术使指骨缩短、纵向截骨使手指变薄或变窄、楔形截骨可矫正弯曲畸形，改善手指外观。对儿童和青少年，可通过骨骺阻滞的方法阻止手指的纵向生长。
4.截指术
对严重影响功能及外形的巨指，无法采用上述缩小术时，可选用截指术，但截指术要慎重。肥大的拇指截除后，可行示指拇指化术以重建功能。