对于急性肾盂肾炎的治疗经历了从长疗程到短疗程、再到长疗程这样一个学术发展过程。急性肾盂肾炎给予足够营养，补充液体、多饮水。
一般治疗：
急性肾盂肾炎伴有发热、显著的尿路刺激症状或有血尿的急性肾盂肾炎患者应卧床休息，体温恢复正常，症状明显减轻后即可起床活动。急性期有高热者应卧床休息，鼓励多饮水、勤排尿、促使细菌及炎性渗出物迅速排出。大量饮水，每日入水量应在2500毫升以上，以增加尿量，促进细菌、毒素及炎性分泌物迅速排出。
一般休息7～10天，症状完全消失后可恢复工作。发热、全身症状明显者，根据病人全身情况给以流质或半流质饮食，无明显症状后改为普通日常饮食。高热、消化道症状明显者可静脉补液。每天饮水量应充分，多饮水，多排尿。使尿路冲洗，促使细菌及炎性分泌物的排出，并降低肾髓质及乳头部的高渗性，不利于细菌的生长繁殖。
治疗方法：
1、首次发生肾盂肾炎的致病菌多为大肠杆菌及粪链球菌引起。临床上应根据病人症状和疾病的严重程度选择治疗。在尿细菌定量培养及药敏试验结果来获得之前，可凭医生的经验选择使用抗生素，一般选择对革兰阴性杆菌有效的抗生素并兼治革兰阳性菌感染。
2、轻型肾盂肾炎治疗：口服有嫂抗生素2周是传统疗程。常用药物为复方磺胺甲恶唑lg，每天2次;氧氟沙星0.2g，每天2次;阿莫西林0.5g，每天4次。通过上述治疗通常尿菌的阴转率达90%左右，如果尿菌仍呈阳性时，应根据药敏结果选择有效的抗生素，疗程为4～6周。
3、病情危重者，根据药敏结果选择用强有力抗生素。复杂性肾盂肾炎易发生革兰阴性杆菌败血症，应联合使用两种或两种以上抗生素静脉治疗。用药期间应定期复查尿菌培养以观察治疗效果。
4、根据尿液细菌培养结果和对抗生素敏感情况，选用有效抗生素，尤其在治疗过程中出现细菌耐药时，应根据细菌培养及药物敏感试验结果，重新调整抗菌药物。
5、选用抗生素时，应考虑药物的肾毒性，伴有肾功能不良者，应使用对肾脏毒性小的药物。
6、抗菌药物的治疗宜个体化。静脉用药者可在体温正常、临床症状改善、尿培养阴性后改用口服维持。
7、膀胱刺激症状明显者，可用盐酸黄酮哌酯(泌尿灵)或钙离子通道拮抗剂维拉帕米(异搏定)等缓解膀胱刺激症状。
8、中药治疗：以小柴胡汤为主。