治疗的目的在于缓解肾盂肾炎的症状，防止病情复发，减少肾器官的损害。患者需要提醒自己每日多饮水，勤排尿，以降低髓质渗透压，提高机体吞噬细胞功能，冲洗掉膀胱内的细胞。有发热等全身感染症状的话，应立即卧床休息。服用碳酸氢钠1g，每日3次，可碱化尿液，减轻膀胱刺激刺激症状，并对氨基糖甙类抗生素、青霉素、红霉素及磺胺等有增强疗效作用，但可使四环素、呋喃咀啶的药效下降。有诱发因素者应治疗，如肾结石、输尿管畸形等。抗感染治疗最好在尿细菌培养及药物敏感试验下进行。
抗感染治疗
1、急性肾盂肾炎：因引起尿路感染的主要细菌是革兰阴性菌，其中以大肠杆菌为主。新生儿，婴儿和5岁以下的幼儿急性肾盂肾炎多数伴有泌尿道畸形和功能障碍，故不易根除，但有些功能障碍如膀胱输尿管返流可随年龄增长而消失。一次性或多次尿感在肾组织中形成局灶性疤痕，甚至影响肾发育，近年来主张用药前尽可能先做中段尿细胞培养，停药后第2、4、6周应复查尿培养，以期及时发现和处理。
2、慢性肾盂肾炎：急性发作者按急性肾盂肾炎治疗，反复发作者应通过尿细菌培养并确定菌型，明确此次再发是复发或重新感染。
复发：指治疗后菌株转阴性，但在停药后的6周内再发，且致病菌和先前感染的完全相同。复发的常见原因有：
如果经两个疗程的足量抗菌治疗后，尿菌仍持续阳性，可考虑长程低剂量治疗。一般采用复方新诺明或呋喃叮每晚一次，可以服用1年或更长，约60%患者菌转阴。
再感染：指菌尿转阴后，另一种与先前不同的致病菌侵入尿路引起的感染，一般在菌尿转阴6周后再发。妇女的尿感再发，85%是重新感染，可按首次发作的治疗方法处理，并嘱患患者重视尿感的预防。同时应全面检查，有无易感因素存在，予以去除。
中医治疗方法
肾盂肾炎以女子多见，属中医淋症范畴。分急性和慢性两种。
急性肾盂肾炎常有发热，尿急， 尿频，尿痛，尿热等症状。属湿热症，方用人正散加减。本方为木通6克，瞿麦10克，扁蓄10克，川黄柏10克，车前子15克，石苇15克，茅根30克，小 蓟30克。饮食方面应忌食一切咸味调味品和含高蛋白的食物，应多食一些含维生素C的蔬菜和水果。