不同错颌畸形矫治的最佳年龄有所不同。
在乳牙期(3～5岁)和替牙期(6～11岁)，一般的错颌畸形如个别牙齿错位不需要立即矫治，应当继续观察和纠正口腔不良习惯。因为在这个时期，牙颌正处于调整时期，随着不良习惯的纠正，错颌畸形常可以部分自行纠正。这时的生长发育速度很快，不适当的矫治力会影响发育。但是，对于严重妨碍生长发育的错颌畸形，则需要进行初步的矫治。
如乳牙反颌，会妨碍上颌骨的发育，影响面部的外形，应当及早治疗。如果孩子能配合，在3～5岁都可矫治。又如严重下颌后缩，在替牙期(7～10岁)就可进行早期矫治，以阻断其向严重发展，也为以后继续矫治减小难度。恒切牙的重度扭转也可在替牙期矫治。
大多数的错颌畸形要等到牙齿替换完的恒牙期，大约12～14岁才进行矫治。因为这时恒牙牙根逐渐发育完成，上下牙齿间的咬合关系也调整完成，可以对错颌畸形的类型做出明确诊断，并采取相应的矫治方法。矫治完成后容易保持稳定的效果，不会再有大的变化。
儿童矫治错颌畸形的最佳年龄是在儿童的生长发育高峰期，男孩在12～14岁，女孩在11～13岁。在这个时期进行矫治，疗程短，效果好。
错过这个时期，到了15～17岁，仍处于青少年期，生长发育仍然比较活跃，虽然难度略有增加，但矫治效果也比较好。如果到了18岁以后，进人成人期，生长发育基本完成，矫治效果就不如儿童期和青少年期。
对于严重的骨性错颌畸形，不能单纯用正畸的方法来完成矫治，必须等到18岁以后的成人期配合外科手术来进行治疗。