肠结核没有特异症状和体征，多数起病缓慢，病程较长，如与肠外结核并存，其临床表现可被遮盖而被忽略。应警惕肠结核存在的可能性。 典型者可出现以下症状。
1.腹痛
腹痛本病常见症状之一，疼痛多位于右下腹，反映出肠结核好发于回盲部的病理特征，然而也可在中上腹或脐周，系回盲部病变引起的牵涉痛，经仔细检查可发现右下 腹压痛点。
疼痛性质一般为隐痛或钝痛，有时在进餐时诱发，由于回盲部病变使胃回肠反射或胃结肠反射亢进，进食促使病变肠曲痉挛或蠕动加强，从而出现疼痛与排便，便后可有不同程度的缓解。
在增生型肠结核或并发肠梗阻时有腹绞痛，常位于右下腹，伴有腹胀、肠鸣音亢进、肠型与蠕动波。
2.腹泻与便秘
腹泻是溃疡型肠结核的主要临床表现之一。排便次数因病变严重程度和范围不同而异，一般每日2～4次，重者每日达10余次。不伴有里急后重。
粪便呈糊样，一般不含黏液或脓血，重者含少量黏液、脓液，但便血少见。有时患者会出现腹泻与便秘交替，这与病变引起的胃肠功能紊乱有关。增生型肠结核多以便秘为主要表现。
3.腹部肿块
主要见于增生型肠结核，系极度增生的结核性肉芽肿使肠壁呈瘤样肿块。
在少数溃疡型肠结核合并有局限性结核性腹膜炎者，因其病变肠曲和周围组织粘连，或包括 有肠系膜淋巴结结核，也可现腹部肿快。腹部肿块常位于右下腹，一般比较固定，中等质地，伴有轻重不等的压痛。
4. 呕吐
结核性小肠狭窄或肠系膜淋巴结核压迫十二指肠第二、三段，导致肠梗阻，可发生呕吐，有时为反射性呕吐。
5. 全身症状和肠外结核的表现
结核毒血症引起全身症状多见于溃疡型肠结核。表现为不同热型的长期发热，伴有盗汗。
患者倦怠、消瘦、贫血，随病程发展而出现维生素缺乏等营养不良的表现。可同时有肠外结核特别是活动性肺结核的临床表现。增生型肠结核病程较长，全身情况一般较好，无发热或有时低热。多不伴有肠外结核表现。
6.其他消化道症状
食欲减退、腹胀等。
单纯肠结核有右下腹或脐周压痛和腹块。当并发局限性腹膜炎时，有腹壁柔韧感等结核性腹膜炎体征。并发肠梗阻时，可见肠型及蠕动波，听诊时有肠鸣音亢进音调增高。