肠结核的治疗目的是消除症状，改善全身情况，促使病灶愈合及防止并发症发生，肠结核早期病变是可逆的，因此应强调早期治疗;如果病程已至后期，即使给予合理足时的抗结核药物治疗，也难免发生并发症。
1.休息与营养
机体抵抗力的降低是结核发生、发展的重要因素，因此合理的休息与营养应作为治疗的基础。以增强机体的抵抗力。
对活动性肠结核须卧床休息，积极改善营养，必要时宜给静脉内高营养治疗。
2.抗结核化学药物治疗
抗结核药物多达十几种。一般认为，抗结核药物可分为杀菌药和抑菌药两大类。
前者指在常规剂量下，药物在机体内外的浓度高于在试管内最低抑菌浓度10倍以上，否则是抑菌药物。
有人也习惯于将抗菌作用较强而副作用小的药物划为一线药，其余均划为二线药。
1987年全国结核病防治工作会议规定的一线药物有异烟肼、链霉素、对氨柳酸钠、氨硫脲。
1992年国际防痨协会/世界卫生组织研究小组主张将异烟肼、利福平、吡嗪酰胺、链霉素，氨硫脲和乙胺丁醇列为抗结核的主要药物。
药物临床运用应坚持早期、联用、适量、规律和全程使用敏感药物的原则，化疗方案视病情轻重而定，过去一般以链霉素、异烟肼，对氨柳酸钠为首选，进行长程标准化疗，疗程在1～2年。
目前为使患者早日康复，防止耐药性的产生，多采用短程化疗，疗程为6～9个月。
一般用异烟肼与利福平两种杀菌药联合。在治疗开始1～2周即有症状改善，食欲增加，体温与粪便性状趋于正常。对严重肠结核，或伴有严重肠外结核者宜加链霉素或吡嗪酰胺或乙胺丁醇联合使用，疗程同前。