非淋菌性尿道炎若是不及时治疗，在男性可能会出现附睾炎一般发生急性尿道炎后，同时发生附睾炎，以单侧附睾炎居多。患者在临床上还会出现有低热，附睾肿大疼痛，同侧腹股沟和下腹部有反射抽痛等症状。发病初期与睾丸界限清楚，渐渐不清，睾丸触痛，肿大，剧烈触痛。尿液常混浊。同时可有前列腺炎和精囊炎。
1、在临床上，人们一般认为非淋菌性尿道炎是由支原体和衣原体所引起，其他的病原体可有念珠菌、阴道毛滴虫、单纯疱疹病毒、包皮杆菌、兰氏鞭毛虫，细菌感染也是非淋菌性尿道炎的病因之一，国外报道有一部分非淋菌性尿道炎患者可以分离到解鸟类杆菌、流感嗜血杆菌、副流感杆菌、不动杆菌、绿脓杆菌、腐生葡萄球菌等。
2、还有很多人认为非淋菌性尿道炎是由于长期使用抗生素，导致菌群失调而发病。
3、非淋菌性尿道炎还与人们的房事不洁有关，直接或间接感受特殊的秽浊之邪酿成湿热，湿热毒邪博结，侵犯下焦，流注膀胱，熏灼尿道，而使膀胱气化失司，水道不利，尿道阻塞有关。或因肝郁气滞，日久而化火，下侵膀胱，负气化不行，水道不利而为淋。
4、在中医认为，非淋菌性尿道炎或许还会因房劳伤肾或湿热毒邪由腑上逆至脏，伤及肾气，久病伤脾胃，脾肾亏虚，气化，不能摄纳脂膏而淋浊。病情日久则久淋体虚，劳伤过度，或药毒所伤，损阴耗气以致脾肾亏虚，膀胱气化无权，湿邪久恋所致。