现在认为导致胃肠功能紊乱因素很多，究竟何种因素起主要作用目前很难定论，特别是不同的病人，胃肠功能紊乱的原因各有不同。常见的与胃肠功能紊乱因素包括：
(1)胃肠动力紊乱
包括胃肠动力过高或过低。
(2)内脏敏感性过高
比如肠易激综合症有时也叫“过敏性结肠”常州市第一人民医院消化内科曹建新
(3)社会心理因素
通过大脑对消化道功能产生影响。比如我们已经知道焦虑，抑郁，失眠，工作压力过大，对食道癌、胃癌或肠癌的过度担心或恐惧都会影响胃肠道的功能。
(4)肠道急性感染
肠功能紊乱，比如感染后肠易激综合症。
(5)其他
比如胆囊切除后出现肠功能改变的也不少，主要是大便不成型或腹泻。