新生儿败血症在起病初期，症状不明显。宝宝面色没有原先那么好看，经常哭闹或多睡，吃奶少并且呕吐，肢体的肢力不像原来那么有力，体温不正常，黄疸加深，呼吸窘迫，腹胀等。如果新生儿出现拒奶，或吃奶减少，反应差、哭声低、面色发灰、苍白、皮肤黄疸加深、体重不增，以及体温波动等，应怀疑发生新生儿败血症。要及时送往医院诊治。
1、颅内出血，窒息
败血症有呼吸暂停，震颤，抽搐，前囟凸出，表示有神经系统侵犯时，尤其是初生1周内患儿，应与颅内出血，窒息等鉴别，后者发病早，多在生后1，2天内起病，有产伤史，有神经系统先天畸形并发脑膜炎时，也应与败血症鉴别。
2、呼吸道疾病
败血症早期症状可有呼吸困难，急促，发绀等，应与气胸，肺炎，未成熟儿原发性呼吸窘迫综合征，肺膨胀不全等鉴别，必要时可摄胸部X线片以协助诊断。
3、消化道疾病
腹胀，呕吐，大便次数多或减少，是肠道原发病的表现，也可在败血症时出现，应分析各症状的发展和因果关系，对肠菌类引起的败血症应提高警惕。
4、血液病
新生儿溶血病，红细胞酶的缺乏也可表现黄疸，贫血，呼吸急促和呼吸困难等，但严重的溶血性贫血并无感染征，可与败血症引起的高胆红素血症鉴别，新生儿出血症须与败血症并发出血者鉴别，前者无感染灶，输血和维生素K治疗可获痊愈，特发性血小板减少性紫癜和先天性白血病应与败血症鉴别，可由血常规检查协助诊断。
5、新生儿肝炎
以黄疸为首发症状，皮肤黄染明显而全身感染，中毒症状轻，故常常误诊，新生儿败血症出现黄疸的机制除细菌毒素引起的溶血外，与肝细胞的损伤，肝脏排泄胆汁障碍及新生儿肝脏酶系统发育不完善，胆红素在肝脏结合过程受到抑制有关，所以部分患儿血中转氨酶及直接胆红素升高，临床常误诊为肝炎综合征而延误治疗。
患儿无肝炎接触史，与其母HBsAg全部阴性，实验室检测，多数患儿白细胞数增高，选用抗生素治疗症状迅速好转，同时有局部感染灶更是诊断败血症的重要线索，而没有明显感染灶的新生儿败血症惟一依据是血培养，因此当患儿出现原因不明的黄疸时，应想到败血症的可能并早期采血做细菌培养，如果一次血培养阴性而又高度怀疑败血症时，应反复做血或感染灶的渗出物的细菌培养以提高阳性率。
6、其他感染
单纯疱疹，巨细胞包涵体病，柯萨奇病毒感染等均可在新生儿期发生，其症状与败血症相似，单纯疮疹病毒感染，半数可无疱疹，只有全身症状，柯萨奇病毒可引起发热，厌食，呕吐，苍白，发绀，呼吸困难，肝大，黄疸，出血等，主要表现为心肌炎和脑膜炎，多在初生2周内发病，另外，弓形虫病，球状孢子菌病，播散性组织胞浆菌病等少见病，有时也应与败血症鉴别。