肛瘘的发病，多数是因为肛周脓肿自行破溃，或者是切开引流后，未彻底愈合而形成，少数因结核形成。做好肛瘘的保健措施，要从两方面入手：
1、预防保健
肛瘘目前尚无较好的预防方法，宜采用综合措施改善局部血液循环，增强清洁卫生，经常清洗或坐浴，同时要预防便秘、腹泻、肛周脓肿的发生。
2、康复保健
肛瘘一旦形成立即进行抗感染治疗，并注意卧床休息，减少活动。饮食清淡易消化，忌食刺激性食物。局部可熏洗，坐浴或热敷。发现了肛瘘症状以后，要及时的进行治疗，以防病症发展，给治疗带来难度。
建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。应多吃清淡含丰富维生素的食物，如绿豆、萝卜、冬瓜等新鲜蔬菜、水果。对经久不愈的肛瘘多为虚证，饮食上多吃含蛋白质类食品，如瘦肉、牛肉、蘑菇等。 及时治疗肛窦炎、肛乳头炎，以免发生肛管直肠周围脓肿及肛瘘。
肛门灼热不适、肛门下坠者，要及时查清原因，及时治疗。防治便秘和腹泻，对预防肛管直肠周围脓肿有重要意义，因为大便干结容易擦伤肛窦，再加上细菌侵入而感染。腹泻者多半有直肠炎和肛窦炎的存在，可使炎症进一步发展。积极治疗，不积极治疗可能会引起肛管直肠周围脓肿的全身性性病，如溃疡性结肠炎、克隆氏病等。养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。