肛门周围皮下脓肿最常见，多由肛腺感染经外括约肌皮下部向外或直接向外扩散而成。对于各种不同类型的肛周脓肿，其治疗原则通常是一致的，即最主要的就是及时切开排脓，并做到引流通畅，以及全程的抗炎治疗措施。
而不同的只是切开时切口的选择、引流方式的选择以及抗炎药物的选择。肛门周围皮下脓肿可行单纯的切开，直肠粘膜下脓肿可直接在肠粘膜上作纵行切口并排脓。对骨盆直肠窝脓 肿、坐骨直肠窝脓肿、直肠后脓肿等治疗相对较复杂。
在治疗肛周脓肿的时候，一般认为要注意以下几点。
(1)切口要准确，必要时可先行穿刺抽脓，选好切口部位再切开。
(2)浅部脓肿切口呈放射状，直达脓腔，并挤压脓腔周围使脓液尽可能排完。深部脓肿应做直切口，避免损伤括约肌，切开后以止血钳或蝶型探针做钝性分离，达脓腔，并使脓液排尽。
(3)引流要彻底，脓肿切开后应以手指探查脓腔，尤其是马蹄形脓肿，应分开脓腔中的纤维间隔，以利引流。对肛门周围皮下脓肿，引流物可选择凡士林纱条或橡胶片，而对深部脓肿的引流则必须使用橡皮管或卷烟引流条。
(4)抗炎药物的选择很大程度上影响着治疗的成败。对肛周脓肿的急性感染期和手术后初期，抗生素的使用要足量、全程，可使用广谱抗生素，或青霉素、甲硝唑、庆大霉素等联合使用。
(5)术中应以探针探取原发感染性内口，必要时可用亚甲蓝来显示内口的所在，切开原发性的肛窦内口，常常可预防肛瘘的形成，以达到肛周脓肿的一期手术治疗效果。
肛周脓肿起因不同，而有不同的内治食疗之方。
1.实症
(1) 肛门热毒：表现为局部红、肿、热、痛，受压或咳嗽时疼痛加重。溃疡后脓液黄浊，稠厚而带粪臭味。常伴有全身不适，舌质红、苔黄，脉弦数等症状。治宜清热解毒，选方常用仙方活命饮或黄连解毒汤加减;如脓已成者，用透脓散或内托黄芪散加减。
(2) 湿热下注：表现为红肿较重，肛门坠胀疼痛，大便燥结或稀溏，舌质红、苔黄腻，脉濡数等症状。治以清热解毒，利湿;选方常用清热利湿汤加减。
(3) 火毒内陷：表现为高热，烦渴身痛，神昏谵语，舌质红降、苔黄燥，脉数等症状。治宜清营解毒;选方常用清营汤加减。
2.虚症
(1) 阴寒凝滞：表现为畏寒肢冷，肿块不红不热，坚硬而不痛。苔白滑，脉迟缓等症状。治宜温经散寒，和阳散结;选方常用阳和汤加减。
(2) 阴虚湿热：表现为肛门结肿乎塌，皮色暗红或不红，按之不热，疼痛轻微，成脓较慢，溃后脓液淡白，脉数、虚、细等症状。治宜滋阴清热，除湿软坚;选方常用滋阴除湿汤加减。
(3) 气血两虚：表现为平素体虚，少气懒言，肛门感染肿痛，坠胀明显，局部红肿，溃后久不收口，脓水清稀，苔薄、黄等症状。治宜补益气血，清热解毒;选方常用八珍汤和黄连解毒汤加减。