在还不能确定是由某种特定的致病菌所引起的，而粘膜也没有明确的炎性病变，所以盲目使用抗生素是不合理的。过多过滥地使用抗生素，有时甚至会因破坏肠道正常菌群而导致其他疾病的发生，如前面提到的伪膜性肠炎和出血肠炎。
西医治疗多以调节植物神经和肾上腺糖皮质激素为主，而越来越多的患者更乐于接受纯中药治疗。在治疗过程中，患者首先要了解此病的治疗尚在探索中，尤其是中药治疗，中医学讲究“三因制宜”，即因人、因时、因地制宜，有可能同样的药，给有同样症状的患者服用，有人效果好，有人效果差。因此医生往往会根据患者个人的体质、气候条件等因素的不同，并参考患者反馈的症状变化，在一段时间内随症调整用方，以选择一个最有效最合理的配方。患者应有耐心配合医生的治疗，遵医嘱按时按量服药，不要悲观失望，不要贪功冒进。
精神因素已经是公认的与慢性结肠炎的发生、发展有密切关系的因素，在临床上已不难见到一些有典型神经质倾向的慢性结肠炎患者。患者自己应认识到慢性结肠炎虽然给您的生活和工作带来极大的不便和困扰，甚至于给您的精神上增加了很大的负担。
慢性结肠炎毕竟不是一种严重的疾病，它更不是致人死命的疾病，如果患者有相应的症状，而检查确诊为慢性结肠炎时，患者更有理由放松自己的思想情绪(当然不能忽视治疗)，要记住，转移注意力对本病的治疗有很大的帮助。