圆锥角膜是一个难以治疗的疾患，曾提出过不少的方法，大致可分为药物，光学矫正和外科手术治疗。根据病情的进展，在疾病的早期，单纯眼镜就可矫正。当角膜表面变成不规则散光时，应要配戴接触镜，再进展就要应用角膜热成形术或角膜移植术。
1、药物治疗
⑴局部应用毛果芸香碱点眼;夜间应用压迫绷带。前者可藉收缩瞳孔增进视力;后者则能抑制圆锥角膜的发展，此法疗效很低，但简单易行。
⑵有内分泌机能紊乱者，可慎用适量甲状素、百里香片。
⑶抗氧化治疗：如生育素和维生素P。
⑷前房内注射自家血液：适用于角膜后弹力膜发生破裂的急性阶段，内皮也不完整的时候，藉血液的凝结作用来堵住这些缺损，以完成“生物充填”作用。当血液凝块逐渐被吸收后，在原来的地方留下灰白色纤细膜样疤痕。
2、角膜接触镜
⑴硬角膜接触镜：当病人出现不规则散光时，一般眼镜已不能提高视力，就要选择合适的接触镜。矫正圆锥角膜的高度不规则散光适宜应用角巩膜接触镜，但此镜有许多缺点：如比较笨重，配戴不便;角膜前液不能经常更换，对角膜需氧化代谢影响较大，并造成角膜上皮水肿，使患者难以接受。
⑵软角膜接触镜 ：对17例圆锥角膜的高度散光和不规则散光配戴了软性角膜接触镜后，再用一般眼镜矫正剩余散光，获得了很好的效果。但也有其缺点，即由于接触镜片柔软，镜片的曲率容易变得和角膜表面曲率一致，所以在矫正圆锥角膜引起的高度散光时，视力改善常不理想。
⑶软硬混合角膜接触镜 有一些圆锥角膜患者，对于硬角膜接触镜不能耐受或者难以得到适当的中心，软角膜接触虽然可以耐受，但常达不到最好的视力。应用软、硬结合角膜接触镜可获较好视力，暂时避免手术治疗，但配镜比较困难，也可出现上皮水肿。
3、手术治疗
⑴角膜热成形术：用热进行角膜重建，是一个新的刺激疗法，角膜表面受热后，胶原纤维组织收缩，减少屈光度和散光，使角膜弯曲度趋向正常，此法最大的优点是并发症少，而且失败之后还可以作角膜移植，毫不影响预后。
⑵板层角膜移植：对于要进行穿透性角膜移植或热成形术失败的病例都可以进行板层角膜移植。近年来由于应用了显微手术和不带内皮的全厚角膜瓣，所以在术后获得了更好的视力。