真菌将甲组织作为营养源，生长过程中又可分泌蛋白酶分解角质，破坏甲组织，导致甲形态、质地、颜色改变，其代谢产物可刺激甲小皮、加床、甲皱襞等组织，形成一系列病理改变，进而形成了灰指甲。
灰指甲的症状表现，可有以下10项
1.混浊：甲板不透明，呈云雾状或污溃状，失去光泽;
2.肥厚：甲下角质物堆积;
3.甲面凹凸不平：甲下角质堆积导致甲板破坏;
4.甲分离：增厚的角质脱落，导致甲板与甲床分离;
5.变色：病甲呈白色、黄色、灰色、褐色、甚至黑色;
6.甲板萎缩：被真菌感染后，甲板变薄、缩小;
7.甲板脱落：甲板被完全破坏，只有少量残留在甲床上;
8.甲板翘起：甲下角质物脱落，甲板只有根部与甲床相连;
9.钩甲：病甲生长过长，并向掌跖侧弯曲;
10.甲沟炎：病甲根部和甲沟潮红、肿胀，通常由念珠菌感染所致。