脊柱结核的治疗目的是消除感染，防止脊柱畸形和神经功能障碍。随着特异性抗结核药物的应用，脊柱结核的发病率和死亡率都明显下降。对于无严重并发症的患者，基本上可通过药物治疗和手术治愈。
脊椎结核无手术指征的病人，应用合理的化疗方案治疗和局部制动基本可治愈。抗结核药物化学治疗对于结核病的控制起着决定性作用。合理的化疗可使病灶全部灭菌、痊愈。对活动性结核病坚持“早期、联用、适量、规律和全程使用敏感药物”的原则。我国目前的骨、关节结核标准化疗方案是：异烟肼、利福平、乙胺丁醇、链霉素(INH+RFP+EMB+SM )联合应用。强化治疗3 个月后停用链霉素，继续用异烟肼、利福平、乙胺丁醇6～15个月(即3 SHRE/6～15 HRE)，总疗程9～18个月。无论制定何种化疗方案务必坚持个体化。
脊柱结核的手术适应证是：(1)脊髓受压引起神经体征;(2)明显畸形或椎体严重破坏;(3 )保守治疗效果不佳的混合性感染;(4)持续疼痛或血沉持续在高位;(5)窦道形成且合并感染者。根据其历史发展过程，其手术方式有：病灶清除术，香港术式(前路病灶清除、自体骨植骨融合术)，病灶清除、植骨融合、内固定术。
20世纪90年代出现的电视辅助胸腔镜手术(VATS)具有创伤小、痛苦轻、恢复快、疗效可靠、符合美容要求等优点。很多学者将其应用到多种胸椎疾病的诊治中，在胸椎结核的诊治中，取得了满意疗效。结合扩大操作通道技术，将胸腔镜和常规脊柱器械联合使用，为脊柱结核手术治疗提供了新的可供选择的方法。对脊柱结核病变部位进行穿刺，经皮置管即可置管、灌洗及化疗等。对有某些神经压迫症状者，可以利用微创手术器械行简单的病灶清除术。