除了恶性淋巴瘤及一些对化疗，放疗敏感恶性肿瘤外，绝大多数原发性纵隔肿瘤应进行手术治疗。良性囊肿与肿瘤尚未生长巨大，并无症状，在无禁忌证时亦应争取手术切除。因为这些肿瘤迟早要发展，甚至恶变，感染溃破，会增加治疗上的困难。但手术应注意几点。
1、手术：重视鉴别诊断，防止盲目手术。1例上下腔静脉汇合畸形而作不必要探查。对有些纵隔肿瘤估计不足手术造成病情加重。1例胸腺巨大肿瘤直径大于20cm，化疗无效压迫气管，侵犯心包，探查并剪开心包，发现无法切除，术后患者产生气体交换困难，较长时期气管插管，呼吸机维持，最后呼衰难以抢救。1999年1例胸腺肿瘤合并重症无力，术前内科治疗后重症肌无力好转。手术顺利切除胸腺瘤，术后第3天开始重症肌无力逐渐加重，虽应用新斯的明一类药，无效，重症肌无力由胸部肌肉发展到多处肌肉，抢救数周，病情日渐加重。后因经济问题拒绝治疗而出院，估计难以生存。纵隔肿瘤表现多种多样，因此手术途径及技术方面，应根据具体情况而定。
2、切口：切口应选择暴露好，创伤少，兼顾应急措施的需要。有些提倡小切口，虽有创伤小，恢复快之利，但不利暴露常带来众多不便，影响肿瘤广泛完整切除，有时因病变粘连，手术中出血等处理困难。
(1)前胸切口：主要应用于前纵隔肿瘤，若需要时延长切口横断胸骨。
(2)胸后外侧切口：应用较多，暴露好，最适合纵隔肿瘤。
(3)前胸横切口：根据病变，多取第2~4肋间切口。往往应用前纵隔较大病变波及双侧胸腔。
(4)胸骨正中切口：正中锯开胸骨，充分暴露前纵隔，由适合前上纵隔肿瘤或双侧前纵隔肿瘤。
(5)颈切口：多为横切口，多应用于胸骨后甲状腺肿瘤，若暴露与手术有难度，而后补加胸骨正中劈开或部分劈开，此切口也可用于较小的胸腺瘤。
3、手术宜细巧
要避免损伤神经，大血管，不要勉强切除。有些畸胎瘤与腔静脉粘连甚紧，往往想到完整切除，忽略与大血管紧密粘连，分离中往往伤及大血管难以控制出血。因此一切良性肿瘤如囊性畸胎瘤，不能完整切除，把无法与血管分离的部分予以残留，甚至外袋状缝合外引流，让肺膨胀予以压缩。
4、术中快速切片对一些术中难以判断的肿瘤，应作快速冰冻切片诊断，以便术中参考，采取妥善措施。