结核菌经肺部吸入传染，因此预防泌尿系结核的根本措施是预防肺结核。自1921年将卡介苗作为预防结核病的措施以来，在全球已有300亿人接种了卡介苗，但大量的实践证明，卡介苗主要是预防儿童的粟粒性肺结核及结核性脑膜炎，对成年结核病控制效果有限，因此，1995年WHO发表声明指出卡介苗复种没有科学依据，不提倡复种。我国卫生部于1997年决定停止推广卡介苗复种工作。部分结核病控制较好的发达国家，已停止卡介苗接种。近年来国内外对短程联合化疗预防研究工作取得了良好的进展，对高危人群，如家庭接触史，HIV感染者，结核菌素试验强阳性者，临床上高度怀疑泌尿、男生殖系结核者，可采用利福平、异胭肼或利福平、吡嗪酰胺2~3个月的方案进行药物预防。耐药及多药耐药结核菌的出现使结核病的控制变得更为困难，这类患者的预防方案需根据检测传染源分离菌的药敏试验结果而定。可能需采用利福平和乙胺丁醇或利福平和有效的喹喏酮类抗生素连用6~12个月的方案。研究DNA新菌苗，开发新的有效抗结核药物，如新利福霉素长效衍生物利福喷丁和利福布丁，改进用药剂型及途径如透皮控释贴剂和植入型缓释剂将成为结核病预防的主要手段。