中医认为卵巢囊肿的发生与脏腑虚弱、气血劳损、七情太过、风冷寒湿等因素有关，所以治疗卵巢囊肿应以温中散寒，理气化水，益气养血，软坚化瘀为主。患者可根据病情遵循医嘱，选取适宜的中药方剂从根本调理气血，活跃肝脾之脏腑，全面改善内分泌系统，进而达到治疗卵巢囊肿的目的。
中药处方1
处方组成：香附、黄芪、丹参、当归、茯苓、苡仁、海藻、青皮、郁金、桃仁、昆布、赤芍、丝瓜络。
服用方法：日1剂，服两次，1个月为1疗程，服药1个~2个疗程。
中药处方2
处方组成：海藻、桃仁、夏枯草、三棱、苡仁、南星、白芥子、赤芍，具体的药量要根据患者的病情及身体状况而定，并在医生指导下使用。
服用方法：将上述中药洗净后放入锅中加水煎煮，待药液剩600毫升时即可关火，每次服用300毫升，每日分2次服用，10天为1个疗程，患者在服药 1个-2个疗程后需做一次B超检查，如囊肿有缩小趋势，可继续服药直至其彻底消失，如用药3个疗程囊肿仍继续增大，则视为无效，可根据CT检查结果以明确下一步治疗方法。
注意事项：如患者身体偏虚寒，可在方剂中加入肉桂、炮姜和鹿角胶;如患者偏气虚，可加入黄芪、党参和白术;如患者偏血虚，可加入熟地、点那个鬼和阿胶;如患者偏痰湿，可加入茯苓、苍术;如患者偏血瘀，可加入水蛭、地鳖虫和泽兰。
中药处方3
处方组成：海藻、南星、白芥子、三棱、夏枯草、苡仁、桃仁、赤芍。
服用方法：水煎服，药液为600毫升，每服300毫升，每日2次，10天为1个疗程，1个~2个疗程B超1次，如有疗效，服药可直到肿瘤消失为止。
功能：理气行滞、活血祛痰、化瘀散结、软坚消肿。
主治：对卵巢囊肿效果显著，对子宫肌瘤、畸胎瘤、肝肾等囊肿也有一定的疗效。
注意事项：患者用药3个疗程，肿瘤继续增大者为无效，应做CT检查进一步明确诊断并另做治疗。
中药处方4
处方组成：炮山甲、丹参、牛膝、当归、川芎、醋大黄、醋延胡、五灵脂、醋炒三棱、肉桂、炒黑丑、莪术、麝香。
服用方法：药研细末，每服9克，每日3次，愈后服成药乌鸡白凤丸巩固疗效。
中药处方5
处方组成桂枝l0g、皂角刺12g、穿山甲10g、赤芍12g、三棱15g、桃仁12g、莪术15g、当归20g、茯苓15g、生黄芪12g、红花6g、白芷10g、制乳香10g、制没药10g、制大黄10g、柴胡10g。
服用方法：将上药用水煎2汁后混合，浓缩至50ml左右，待温度降至38C左右，用50ml针筒抽取药液，接肛管灌肠。灌肠前先排空大小便，灌人200ml左右，让患者取左侧卧位，尽可能将药液保留1小时以上，如即有便意可改为胸膝卧位5～10分钟。一般每晚灌 1次，急性而症状较重者可1天灌2次。余下的药液仍可分次口服，以增药效。7～15天为1疗程，一般治疗2个疗程。
主治：卵巢囊肿单侧、双侧、混合性、实质性等所有病例均有不同程度的不规则阴道出血、流液、小腹胀痛、肛门坠胀等症状，周围血象多有偏高。
注意事项：单纯性囊肿，加乌梅、五倍子、天仙藤、牵牛子;混合性囊肿，加水蛭、地鳖虫、蜂房;腹痛、肛门坠胀，加红藤、败酱草、猫人参、藤梨根;纳差、舌苔白腻，加半夏、胆南星、白芥子、干蟾皮;腹胀便秘，加槟榔、改制大黄为生大黄后下;经血淋漓不尽，加煅乌贼骨、茜草、仙鹤草。
温馨提示：因为豆浆的特殊营养物质将加速增长的囊肿，所以建议卵巢囊肿患者，停止喝豆浆和吃后再次积极治疗。大豆富含植物雌激素，雌二醇对人体的作用是单向的，直接增加激素水平，促黄体激素分泌不足，卵巢功能损伤，因此患者应暂停饮用豆浆，应宜清淡，容易消化，饮食或刺激性食物，食物来维持身体的正气充足。