药物治疗是泌尿系结核最基本的治疗方法。由于抗结核药物的进展, 改变了过去肾结核的外科治疗方案, 过去认为必须行手术的患者, 有可能采用药物而治愈,必须行肾切除的患者,可能通过整形手术而保留患肾。国际防痨协会主张所有结核患者均应采用有效的短程化疗。肾脏血运丰富, 尿中抗结核菌药物浓度高,短程化疗不仅杀菌效果良好,病变复发率亦低。国外研究利用利福平、异烟肼治疗6-8 个月的肾切除病理标本, 发现结核菌已全部杀死,空洞愈合。短程化疗方案为异烟肼、利福平及吡嗪酰胺三种杀菌药物组成,总疗程6 个月,吡嗪酰胺仅用于头2 个月。治疗后, 若肾脏无钙化,随诊1 年,若有钙化,则需长期随诊至钙化停止。治疗期间应定期复查,如治疗6-9 个月,仍不能转为正常,或肾脏严重破坏者,则应手术治疗。
在手术治疗中肾切除术适应症为:(1)广泛破坏功能丧失的肾结核(2)肾结核伴有肾输尿管梗阻,继发感染(3)肾结核合并大出血(4)肾结核合并难于控制的高血压(5)钙化的无功能肾结核(6)双侧肾结核一侧广泛破坏,对侧病变较轻时,可将重病侧肾切除,(7)结核菌耐药,药物治疗效果不佳者。肾切除的目的是防治高血压,脓肿及瘘管的形成,改善生活质量,并可缩短化疗疗程[11]。患侧输尿管末端残留过多, 可能是造成术后长期膀胱刺激征的根源, 即使再采用三联抗结核治疗也可能无法治愈[12]。术中应尽可能切除患侧输尿管, 防止输尿管残端综合征。肾脏部分切除术和肾病灶清除术临床应用较少。肾脏手术前应用药物治疗2-6 周。
整形手术主要用于结核致输尿管局部狭窄,肾脏病变较轻的患者, 常见部位为输尿管膀胱连接部,其次为肾盂输尿管连接部。常用手术方法为输尿管膀胱再植术、肾盂成型术，少数患者可以应用输尿管扩张术。
对于一侧肾结核对侧肾积水患者，如肾功能及一般情况较好，可在抗结核药物治疗下先做肾切除，待膀胱结核好转后再处理对侧肾积水。如发生膀胱挛缩，在上尿路病变不重情况下可行膀胱扩大术;但如果肾、输尿管积水严重，已经有尿失禁及膀胱颈、尿道狭窄者应行尿流改道治疗。