肾结核是进行性的结核病变，不经治疗不会自愈。肾结核的治疗主要是抗结核的药物治疗。药物治疗可使部分早期结核病变痊愈，免于手术或缩小了手术范围。有适应证的肾结核的各类手术都以药物治疗为基础，采用药物和手术等综合治疗，才能提高疗效，缩短疗程。
1.泌尿系结核的药物治疗
确诊为肾结核但肾功能尚好，尿液排出无梗阻是药物治疗的基础前提。主要适应证为：①临床前期肾结核;②双侧或单侧小病灶肾结核;③独肾或双侧肾结核，病变广泛严重不宜手术者;④身体其他部位有活动性结核不宜手术者;⑤同时兼有其他严重疾病不能耐受手术者;⑥配合手术前后的药疗。
抗泌尿系结核药物种类很多，主要有：链霉素(SM)、异烟肼(INH)、利福平(RFP)、乙胺丁醇(EMB)、吡嗪酰胺(PZA)等。用药必须坚持五项基本原则：早期、联合、足量、足期和规则，才能获得较好的疗效，否则将功亏一篑。
药物治疗泌尿系结核的具体方案：①INH+RFP+EMB+SM;②INH+RFP+EMB;③INH十RFP+PZA;④INH十RFP;不少人在治疗的头半年用方案①，第二个半年用方案②或③，第三个半年用方案④。肾结核药物治疗停药标准：①全身情况、血沉、体温已恢复正常;②膀胱刺激症状完全消失;③多次尿常规检查已正常;④长期多次尿沉渣找抗酸杆菌均阴性;⑤尿液培养、动物接种阴性;⑥全身无其他结核病灶;⑦X线等影像学检查病灶已愈合。
2.手术治疗泌尿系结核
手术前需用药物治疗，控制至病变进程呈稳定状态，肾切除前一般药疗一个月左右。各种肾结核术后宜正规药疗一年以上。手术方式主要有：肾切除术;肾部分切除术;肾病灶清除术;肾盂输尿管狭窄切除吻合术。