肠系膜淋巴结结核的主要症状为一般结核中毒症状及局部症状。慢性中毒症状为长期不规则低热、食欲减退、消瘦、容易疲劳睡眠不安、情绪不稳等。局部胃肠道症状有恶心、呕吐腹泻、便秘、腹胀、腹痛等，其中以腹痛为最常见。腹痛可为经常持续的轻度钝痛，但更类似绞痛。专家提出：腹痛多位于脐周或腹部深处，多在左上腹或右下腹，因此易被误诊为急性阑尾炎而做手术。
视诊和触诊可见腹壁轻度紧张和膨隆，触诊可发现典型的压痛点，常在右下腹相当于阑尾炎点处，或在左上腹内带相当于第2腰椎水平即肠系膜根处。有时可触到1个或多个肿大淋巴结，小如蚕豆，大可似手拳，有压痛触诊应在清晨空腹清洗灌肠后进行。
肿大淋巴结有时可引起压迫症状：压迫门静脉使回流受阻产生腹水及腹壁静脉扩张;压迫下腔静脉可引起下肢水肿;压迫胸导管可引起乳糜性腹水;压迫幽门可致幽门狭窄;压迫肠道可引起不全性肠梗阻。此外患儿往往有黄或白厚舌苔，表示消化功能不好有时呈高度过敏，如反复出现疱疹性结膜炎等。
肠系膜淋巴结结核并发症：引起腹泻、腹痛;肿大淋巴结压迫门静脉使回流受阻，可产生腹水及腹壁静脉扩张;压迫下腔静脉可引起下肢水肿;压迫胸导管可引起乳糜性腹水;压迫幽门可致幽门狭窄;压迫肠道可引起不全性肠梗阻。