据说蛀牙和牙周病分别由蛀牙菌和牙周病菌引起。但即便是蛀牙菌，也是由变形链球菌等多种细菌共同构成的，牙周病菌也是如此。口腔中有300种以上的细菌被称作“口腔常在菌”，其中很多细菌都相互关联
1889年，威洛比·D·米拉(Willoughby·D·Miller)就蛀牙产生的原因发表了“米拉的化学细菌说”。在此之前，人们认为蛀牙就是有虫子在咬噬牙齿，但无法确定是哪种细菌导致了蛀牙，米拉的学说可谓划时代的贡献。l955年以后，实现了无菌状态下动物的饲养，被认为是蛀牙成因的细菌也因此被找到。如果给实验鼠喂食含有砂糖的饲料，老鼠就会长蛀牙，但是给无菌条件下饲养的实验鼠喂食这种饲料，老鼠就不会长蛀牙。通过这个实验，人们发现了数种蛀牙菌，其中最引人注目的是变形链球菌。
为什么这么长时间以来，唯有蛀牙的病原菌无法确定呢?原因在于导致蛀牙的细菌一一常在菌每个人口中都有。我们需要将结核病与一般的感染症区别开来。结核病是由于人体感染了通常情况下体内没有的细菌所导致的。常在菌通常情况下是无害的，甚至有时还能起到防止有害菌入侵的作用。但有一部分细菌会突然活跃，对身体产生危害，这种情况叫做“免疫缺陷性感染”。
常在菌
日常存活在人体陶的细菌叫做“常在菌”。常在菌存在于皮肤、口腔、气管、肠道等处，在与外界接触的地方保护着人类。
原本细菌是在人类出现以前就存活在地球上的生物，这些细菌相互斗争，寻找着适宜生存的地方。随后出现了植物、动物和人，一部分定居在人类皮肤和腹中的细菌与人结成了共荣共存的关系，这些就是常在菌。
口腔中也有常在蔚。人体内温度适中，且有稳定食源，是细菌存活的好地方。人类每天吃的食物中无法消化的成分是常在菌壬要的食物来源，所以，在人体肠内存活的常在菌可以帑助人体消化原本无法消化的食物。