海军总医院眼科由门诊、病区、准分子激光屈光不正治疗研究中心、北京斜视弱视专家会诊中心、配镜中心组成，拥有国内一流的诊断和治疗设备。科室现有高级专业技术干部8人，硕士以上学位者11人。年均门诊量15000人，年均收治患者1650人，年均手术量500台次。 眼显微外科手术是海军总医院眼科的特色项目，其中白内障超声乳化联合人工晶状体植入术、玻璃体切割术和准分子激光角膜屈光成形术是现代眼科显微外科手术的三大技术。已经开展的还有视网膜脱离手术、眼整形美容手术、羟基磷灰石义眼台植入术、眼肿瘤切除术、抗青光眼手术、复杂性眼外伤救治、角膜移植术、眼底疾病的高压氧仓治疗等。