武警总医院肛肠病研究所是重点学科，技术力量雄厚，在肛肠疾病的手术治疗领域居军内外领先水平。该研究所配有国内一流的纤维结肠镜、微波手术治疗仪，电子手术治疗仪、冷光源乙状结肠镜、高科技电切治疗仪，全自动中药坐浴器等。 武警总医院肛肠病研究所专科特色明显，在肛肠外科领域有多项技术创新： 1.高位复杂性肛瘘，采用不挂线，内口缝闭微创手术方法。 2.肛周脓肿：采用一次性切开根治术。 3.环状内外混合痔；采取内剥外扎整形术，创伤小，保持肛门收缩功能。 4.各种先天畸形：如，先天性肛门闭锁，直肠阴道瘘，畸胎瘤等，采用皮瓣转移及肛门原位重建括约肌修补术。 5.对肛门术后遗留各种并发症，如：肛管皮肤粘膜缺损，肛门失禁等，采取重建人工括约肌手术疗法。 6.直肠癌：采取超低位吻合、原位肛门重建术，在治疗疾病的同时，减轻病人对手术的心理负担。 7．对慢性结肠、直肠炎采用纯中药治疗方法，治愈率均达90%以上。