武警总医院普通外科为医院的重点学科，专家队伍雄厚，专科设备先进，在肝胆、胃肠、甲状腺、乳腺等领域形成了较强的专业特色，有些技术达到国内先进水平。 武警总医院普通外科擅长外科疑难重症的诊疗，在肝内外胆管结石、肝门部胆管癌、壶腹周围癌、巨大肝癌的手术成功率高，其中切除的肝癌最大直径26厘米的病人长期存活；下腔静脉阻塞综合征（布加氏综合征）的外科治愈率高；1991年率先在武警部队开展腹腔镜技术，开展了腹腔镜肝囊肿开窗引流术，腹腔镜探查术及肠粘连松解术，纤维胆道镜技术等，完成了近2000例腹腔镜胆囊切除术；对治疗甲状腺、乳腺疾病有较深入的研究。甲状腺癌和乳腺癌手术根治率高，并配合综合治疗；对上消化道大出血、胃癌、结肠癌、直肠癌根治术有深入的研究；在国内率先开展了甲状腺机能亢进的介入栓塞治疗方法，最先开展皮下空肠盲襻应用于胰十二指肠切除术，用于胰岛移植的孵育法保存胰岛长达10个月，居国内先进水平；在国内最先开展了胃转流手术治疗Ⅱ型糖尿病并取得优异疗效；拥有国内唯一通过国家级审批固态微球血管栓塞剂的专利权，拥有直接切割、固化灭活双功能微波刀的专利权，首创脾功能亢进脾下极动脉栓塞介入治疗的新方法等。获国家级科技进步三等奖1项、军队级科技进步二等奖2项、三等奖6项。1999年以来多次被评为“基层达标先进科室”。