武警总医院儿科成立于1990年，1996年被评为武警部队小儿心血管病研究中心及武警总医院中心科室；1997年被评为北京市爱婴医院；2005年被评为武警部队优生优育技术中心；2006年被评为中国红十字会救治白血病儿童“天使基金”使用单位；为中国红十字会小儿伤残互助基金定点医院。2001年及2003年被评为总医院基层建设先进单位。2005年被评为总医院优秀党支部。 儿科还开展了如：小儿肿瘤、小儿白血病、淋巴瘤、血小板减少性紫癜、再障、骨髓增生异常综合征等小儿血液病、肾母细胞瘤、神经母细胞瘤、胚胎癌等肿瘤疾病、肾炎、肾病综合征等肾脏疾病、心肌炎、心肌病等心血管疾病、新生儿缺氧缺血性脑病、持续胎儿循环等新生儿疾病以及小儿脑瘫、过敏性紫癜等少见病的系统、正规诊治。在小儿血液病、肿瘤、心血管疾病及新生儿疾病方面已形成特色。