专家指出，微生物发酵反而会提升食物的营养价值。
首先，微生物发酵提升了蛋白质和矿物质的消化吸收率。中国农业大学的一项研究发现，在发酵成腐乳之后，豆腐中的蛋白质分子被微生物“切割”成了碎片，消化吸收起来容易多了，即便胃肠不好的人也能轻松消化。同时，微生物产生的植酸酶，能把大豆食品中的植酸(一种妨碍矿物质吸收的成分)水解掉，让大豆中的铁、锌等元素更容易被人吸收利用。
同时，微生物在享用蛋白质食品大餐时，也给人类赠送一份礼物，那就是它们额外产生的B族维生素，包括植物性食品里没有的维生素B12。如果能够严格保证其中不含致病菌和细菌毒素，只是一些无害的腐败菌把蛋白质分解成肽类和氨基酸，同时赠给人类更多的B族维生素和更易利用的矿物质，反而是有利于健康的。——这也是很多地方的居民制作“臭”食品的原因。
专家指出，实际上现代食品工业生产的发酵食品，包括臭豆腐，都有严格的生产工艺，保证不会引入致病菌，也不会产生任何毒素。而且，在烹调加工中，曾经繁荣一时的细菌也已经被全部杀灭掉了，所以无需担心。
我们现在常吃发酵食品主要有谷物发酵食品、豆类发酵食品和乳类发酵食品。
1、谷物发酵食品
主要有甜面酱及米醋等食品，它们当中富含苏氨酸等成分，可防止记忆力减退。另外，醋的主要成分是多种氨基酸及矿物质，可达到降低血压、血糖及胆固醇的作用。谷物发酵食品还包括馒头、面包、包子、发面饼、酒等。
2、豆类发酵食品
主要有豆瓣酱、酱油、豆豉、腐乳等。发酵的大豆含有丰富的抗血栓成分，它可以有效地溶解血液中的血栓等物，起到预防动脉硬化、降低血压的作用。豆类发酵之后，能参与维生素K合成，可使骨骼强壮，防止骨质疏松症的发生，还能分解某些对人体不利的因子，如豆类中的低聚糖、胀气因子等。
3、乳类发酵食品
主要有酸奶、奶酪等，其所含有的乳酸菌，能抑制肠道腐败菌的生长，还含有可抑制体内合成胆固醇还原酶的活性物质，又能刺激机体免疫系统，调动机体的积极因素，有效地预防癌症。酸牛奶还能有效地控制血压升高，防止动脉硬化，保护心脏。此外，利用乳酸菌来发酵的食品，均可调整肠腔内菌群的平衡，增加肠蠕动，使大便保持通畅，预防大肠癌等的发生。
