男性尿道炎的治疗很重要也很复杂，临床上主要采取以下药物进行治疗。
(一)四环素类
(1)四环素
每次500毫克，每日4次，共用14日，口服。四环素对沙眼衣原体、解脲支原体和人型支原体均显示满意的效果。如果用药14日后，仍分离有沙眼衣原体或支原体，可再给予第2个疗程。四环素好在空腹时服用，以使吸收良好，不要同时饮牛奶或奶制品，也不要与抗酸药物和含铁、镁、钙、铝等多价金属的药物同时服用。副作用为恶心、呕吐等消化道反应，少数可引起肠炎。同时，所有四环素类药物均可引起光敏性皮炎。
(2)强力霉素
每次200毫克，每日2次，共用14日，口服。此药受食物和金属离子的影响较少，消化道反应也较轻。
(3)美满霉素
每次100毫克，每日2次，共用14日，首剂量加倍。副作用有头晕、眼花、运动失调，可逆性前庭反应及恶心、呕吐、食欲下降等消化道反应，尤其是服药的头几天较多见。
(二)大环内酯类
(1)红霉素
每次500毫克，每日4次，共用14日，口服。对沙眼衣原体、解脲支原体效果好，而对人型支原体无效。空腹服药和大量饮水有助吸收，但胃肠道副作用较大。临床上，红霉素是治疗非淋菌性尿道炎的一线药物，对解脲支原体性尿道炎较四环素更显优势。
(2)交沙霉素
每次400毫克，每日4次，共用14日，口服。抗菌谱和抗菌活性与红霉素相近，胃肠道副作用较红霉素轻。
(3)利菌沙
每次500毫克，每日4次，共用14天，口服。
(4)罗红霉素
每次150毫克，每日2次，共用14日，口服。
(三)喹喏酮酸类
如氟嗪酸、悉复欢等，慢性前列腺炎患者在系统治疗同时，可结合前列腺按摩。
