苦瓜中的维生素C的含量在瓜类中是高的，是黄瓜的6倍多，冬瓜的3倍多，番茄的3倍。苦瓜中还含有果胶、苦瓜甙、苦味素和多种氨基酸。苦瓜根、茎、叶、花、果实及种子均可作药用。
中医认为：苦瓜肉性寒味苦，具有清热解毒、滋肝养血、益气壮阳、清心明目、止痢、润肺、补脾胃的功效，可治中暑、痢疾、眼痛、眼肿等症;苦瓜根、茎、叶、花苦寒，有清热解毒作用，可治疔毒疮肿、便血、牙痛、消渴、湿疹、腹泻等疾病。
民间用苦瓜治病的验方甚多，如：
1、治热病或暑热烦渴：苦瓜500克炒熟食，或与瘦猪肉50克，煎汤服，每日2～3次。
2、治痢疾：
①鲜苦瓜1条，捣烂绞汁，开水送服。
②鲜苦瓜1条，捣烂如泥，加糖适量调匀，2小时后将水滤去，1次冷服。适治急性痢疾。
③头大尾尖的苦瓜1条，切成2～4块晒 1天，当天晚上用盐腌好，次日再晒，直到晒干，如不够味，再点盐将其放入玻璃瓶内压实封好，可保持1～2年或更久。用时将苦瓜切成粒加入白米粥中煲5分钟即食，半日可见效。
④苦瓜根60克，冰糖30克，加水煎服。适治热毒泻痢。
⑤苦瓜藤晒干，研成粉末，每次服 3克，每隔6小时服1次，开水送服。
3、治中暑发热：鲜苦瓜1条，茶叶50克，鲜苦瓜截断去瓤，纳入茶叶，再接合，悬挂通风处阴干。每次9克，开水泡15分钟，代茶饮。
4、治胃痛：苦瓜花50克，晒干研末，分两次温开水冲服。或苦瓜晒干研末，每次服1克，开水送服，每日服2～3次。
5、治肝热目赤疼痛：鲜苦瓜500克，鲜桑叶30克，鲜菊花50克，水煎服，每日2次。
6、治小儿腹泻：苦瓜藤(除去根)洗净阴干，用慢火炒干或烘干研末，每次二分至一钱;若无效隔六小时再服一次，直至有效为止。
7、治小儿呕吐：苦瓜根6克，水煎服。
8、治流感：苦瓜瓤，煮熟食。
9、治扁平疣：将苦瓜剖开去瓤，放进酸菜水内浸泡12小时后取出，切丝或片，放入油锅，加入适量调味品爆炒，当菜食用。一日3次，每次100克，连服20天。
10、治暑天感冒发热：苦瓜干15克，连须葱白10克，生姜6克，水煎服。
