子宫内膜异位症如果发生在卵巢，对生育能力的影响更为直接。这种病被俗称为"巧克力囊肿"，卵巢内形成囊肿，内含积血黏稠如巧克力糊，因而得名。巧克力囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经期后出现破裂。该病的高发年龄是20~30岁。"总的说来，发病年龄越早，破裂风险越高，造成的破坏也越大。"
治疗
是否切除病灶要谨慎权衡
目前，子宫内膜异位症可采取内科药物治疗和外科手术治疗，采取腹腔镜下手术治疗已取得成熟经验。姚书忠指出，简单的手术由妇科医师独立完成，复杂时就得与相关专科配合完成。由于子宫内膜异位症的生长特性和位置特殊，手术中稍一不慎就会引起肠道、输卵管等器官的损伤及并发症，例如便秘、排尿不畅等。因此，很多病人不愿意彻底切除病灶
姚书忠指出，任何手术都有一定风险，但即使出现术后并发症，也并非无法治疗。医生和病人都要谨慎权衡，解决病症带来的长期痛苦和出现并发症的风险两者相比，究竟哪个问题更为重要。临床上重要的是术前评估，判断能否做到彻底切除。如评估手术困难，就不要去做，而要寻找更有经验的医师进行治疗。
以巧克力囊肿为例，病人年纪越小，囊肿越大，对卵巢的功能影响越大，则应考虑手术。有不孕病史且囊肿大于4厘米，或者已生育者囊肿大于5厘米，也属于手术适应症。
提醒
双子宫、阴道斜隔也会痛经
"为什么别人痛经，生完孩子就能好，而我这么倒霉?"在已婚痛经患者中，经常能听到这样的抱怨。其实，生育后缓解的痛经多属于原发性痛经，也就是功能性痛经。有些病人的经期痛与子宫位置和宫颈口狭窄等因素有关，有时也受精神紧张影响。经过生育的刺激，这些问题得到缓解，症状也会改善、消失。
姚书忠指出，如果生育后痛经依旧，"嫌疑人"除了指向子宫内膜异位症，生殖道畸形也在怀疑的名单上。
有的女性拥有"残角子宫"，也就是在正常子宫旁边还有一个畸形的小子宫，小子宫同样有内膜，可随月经周期脱落出血，但由于残角子宫没有与阴道相联通，经血无法外排，因而会引发痛经等症状。
有的女性则长有"阴道斜隔"，其中一侧阴道无法将经血排出。
还有的女性到了青春期，每月都会腹痛三到五天，但见不到经血流出，因为体内有功能性的子宫，却没有阴道。
姚书忠指出，这些生殖道畸形是因为，胚胎时期，女性生殖道的前身是"苗勒氏管"，这是一个左右对称的双侧性管道，从胚胎5周起至16周，苗勒氏管会完成"二合一"的融合，后在中线上形成单一的子宫体、子宫颈和阴道，而仍保持左右各一的输卵管。在此期间，如果受到致畸因素的影响，就可能导致残角子宫、阴道畸形的发生。
