薜己《内科摘要》中医史上第一本以内科命名的医籍。
《正体类要》记载正骨手法19种及外科方剂等，论述简明实用。
1549江氏父子《名医类案》载录了历代名医治案。是中国第一部以疾病种类编纂的大型医案专着，不仅对历代临床医家有指导作用，对医案学发展亦有重要的意义。
1550沈之问《解围元薮》早的麻风病专书。
1554薜己《疠疡机要》麻风病专书，有关辨证论治，方药及验案介绍。
1556徐春甫《古今医统大全》辑录230余部医籍，并将其他文献中有关医学内容也加入编纂而成。
1564李时珍《濒湖脉学》丰富了中医脉学内容
1567 人痘接种法见于记载，之后广泛流传，并传入欧洲多国。
1575李梴《医学入门》医学启蒙与入门专着，附有医德专述。
1578李时珍《本草纲目》总结了16世纪前的中草药经验与知识。
1584吴昆《医方考》扼要论述有关方剂之命名、药味组成、方义、功效、适应证、加减应用、禁忌。是明代的方剂学著作。
1586马莳《黄帝内经素问灵枢注证发微》将《素问》《灵枢》重新分卷加以注释，也是《灵枢》的早全注本。
1589方有执《伤寒论条辨》将《伤寒论》原文详加考订注释。
1591高濂《遵生八笺》有关养生保健的论述。
1601杨继洲《针灸大成》介绍了综合针灸与药物治疗的经验，是明代重要的针灸专书。
1602王肯堂《证治准绳》包括杂病、类方、伤寒、疡疮、幼科、女科共六科诊治法则，又称《六科准绳》。
1604龚云林《小儿推拿秘旨》总结了前人有关小儿按摩疗法及成就，并加入作者经验。
1615龚延贤《寿世保元》述内、外、妇、儿各科病证的诊断及综合疗法。
1617陈实功《外科正宗》主张对外科疾病调理脾胃，并对多项手术及癌肿有精确描述。
1620武之望《济阴纲目》以经、带、胎、产诸病分列纲目编撰，便于妇科临证应用。
1622缪希雍《炮炙大法》对学习、研究中药炮制法，及用药注意事项均有重要参考价值。
1624张介宾《类经》根据性质将《内经》原文再分类，并予以注解，很有参考价值。
