扁平疣的治疗包括药物治疗（外用维A酸类、水杨酸，口服免疫调节剂）、物理治疗（冷冻、激光）、中医治疗（中药内服、外用）、生活方式调整（皮肤护理、增强免疫力），儿童患扁平疣优先选温和方法并注意心理安抚，孕妇患扁平疣优先选相对安全治疗方式需遵医嘱谨慎处理。
一、药物治疗
（一）外用药物
1.维A酸类药物：如维A酸乳膏等，可调节细胞分化，抑制角质形成细胞的增殖，对扁平疣有一定治疗作用，其作用机制是通过与维A酸受体结合，影响基因表达，从而发挥抗增生和促进表皮正常分化的作用，有研究表明其对部分扁平疣患者有效。
2.水杨酸：具有角质剥脱、免疫调节作用，可促使扁平疣疣体脱落，通过溶解角质层细胞间的连接物质，使角质层松解脱落，进而达到去除疣体的目的。
（二）口服药物
1.免疫调节剂：如转移因子口服液等，可调节机体免疫功能，增强机体抗病毒能力，帮助机体识别和清除被人乳头瘤病毒（HPV）感染的细胞，对于免疫功能相对低下的患者可能有一定效果，其原理是转移因子能将特异性和非特异性细胞免疫功能转移给受体，以提高受体的免疫功能。
二、物理治疗
（一）冷冻治疗
利用低温使疣体组织坏死、脱落，通过液氮的低温作用破坏疣体细胞的结构和功能，使疣体组织冻结、变性、坏死，然后逐渐脱落，适用于数目较少的扁平疣，治疗过程中可能会有局部疼痛等不适，儿童进行冷冻治疗时需特别注意安抚，避免因恐惧不配合。
（二）激光治疗
采用激光的高能量烧灼疣体，使其碳化、脱落，能较精准地去除疣体，对于较大或药物治疗效果不佳的扁平疣可考虑激光治疗，治疗后局部会有创面，需要注意保持创面清洁，预防感染，儿童进行激光治疗需在专业医生严格操作下进行，避免损伤周围正常组织。
三、中医治疗
（一）中药内服
根据患者的具体病情进行辨证论治，如属风热蕴结证，可选用桑菊饮加减等，通过调整机体的气血阴阳平衡，增强机体免疫力来达到抗病毒、去除疣体的目的，中医认为扁平疣多与风热毒邪侵袭肌肤或机体气血失和有关，通过中药调理机体内部环境来发挥作用，但具体方剂需由专业中医师根据患者实际情况开具。
（二）中药外用
如用马齿苋、板蓝根、大青叶等中药煎水外洗，有清热解毒、散结祛疣的作用，这些中药通过局部外用，直接作用于疣体部位，发挥清热解毒、抑制病毒的功效。
四、生活方式调整
（一）皮肤护理
保持皮肤清洁卫生，避免搔抓疣体，防止自身接种传播，因为搔抓可能会使病毒接种到皮肤其他部位，导致疣体增多，无论是儿童还是成人都应注意这一点，儿童由于皮肤较嫩，更要注意避免搔抓，家长需做好监督。
（二）增强免疫力
保持规律作息，保证充足睡眠，合理饮食，均衡营养，适当进行体育锻炼等，有助于提高机体免疫力，因为机体免疫力在抵御HPV感染及清除感染细胞中起重要作用，儿童正处于生长发育阶段，更需要保证良好的生活方式来维持正常的免疫功能，如儿童应保证每天有足够的睡眠时间，饮食上要保证各类营养物质的摄入，适当进行适合的运动。
五、特殊人群注意事项
（一）儿童
儿童患扁平疣时，在治疗上应优先考虑相对温和的方法，如外用药物治疗等，避免采用创伤较大的治疗方式，如激光治疗需非常谨慎，同时要注意心理安抚，避免儿童因治疗过程产生恐惧心理，影响治疗配合度和身心健康。
（二）孕妇
孕妇患扁平疣时，一般优先选择相对安全的治疗方式，如外用药物中相对温和的药物，需在医生指导下谨慎使用，因为孕妇的特殊生理状态需要考虑药物对胎儿的影响，物理治疗等可能会有一定风险，需充分评估后再决定是否采用。
