本病一般具有自限性，即使不治疗也可在10～14天内痊愈，用药后通常可在1～3天内痊愈。但如果发展成慢性结膜炎就比较棘手，一般没有自限性，患者会有眼痒、异物感和视疲劳、轻度充血和有少量分泌物等症状，炎症持续时间一长还会导致结膜肥厚。
患流行性急性结膜炎的病人，应及时就诊治疗，以免成为传染源。治疗时，要在医生仔细检查后，有针对性地应用抗菌、抗病毒的药物。可用抗生素眼药水，或用具有抗病毒作用的三氮唑核苷、环胞苷眼药水等，每10分钟到2小时滴1次，反复多次使用。滴药前，好先用3%硼酸溶液洗眼，应注意急性结膜炎不宜使用眼药膏，并不能用纱布等将眼封闭。如果治疗得当，绝大多数病人在2周左右可以完全恢复正常，并不留任何后遗症。
流行性急性结膜炎传染性极强且有群发性，潜伏期短仅2～3小时，长24小时左右发病，传播速度快，其传播途径主要是接触传染，健康人接触红眼病人的分泌物或其污染物就会被传染，而手、毛巾、面盆、公共浴池、游泳池等皆是可能的传播媒介。因其具有发病急、传播快、流行广、传染性强的特点，故医学专家们又称之为夏季的眼科“瘟疫”。
